Les premières graines de café auraient été introduites à Madagascar au XVIIIe siècle par les traitants des Mascareignes. Mais ce n'est qu'au début du siècle suivant que les plantations de caféiers ont fait leur apparition sur la Grande Ile.
Vers 1926, en raison du prix élevé du café brésilien et de la sous-évaluation du franc, les cafés coloniaux, le malgache en tête, s'écoulent extrêmement bien en France même ceux de qualité modeste.
Dans les années 1930, Madagascar est le principal exportateur de café dans l'ensemble francophone africain avec 83% du total, dépassant les autres pays d'Afrique.
En 1947, à cause de l'insurrection malgache à laquelle l'armée française a durement répondu, la production de café baisse.
Au début des années 1950, anticipant la fin du conflit, certains négociants français, comme la Société commerciale interocéanique, se spécialisent dans le café malgache. Alors que cette dernière s'implante à Manakara, les cafés Ancel, autre maison de négoce du Havre, s'installe à Tamatave.
En 1993, Madagascar a adhéré à l'Association des Producteurs de Café (APC).
Entre 1997 et 2000, le café malgache est en crise à cause de la concurrence de plus en plus rude de pays comme le Vietnam, le Brésil, l'Indonésie ou encore la Côte d'Ivoire.
Aujourd'hui, il reste une des principales ressources du pays mais pour combien de temps encore ?