Pendant la royauté
Au XIXe siècle, pendant le règne de Ranavalona I, Rahiniharo, alors Premier Ministre, achète à seulement 200 mètres du Palais de la Reine, une vaste enceinte à Andohalo. Quelque temps plus tard, il la divise en trois parties pour les léguer à ses descendants.
Rahiniharo fait ensuite construire sur la parcelle un palais en bois, il s'agit d'une petite réplique du Rova de Manjakamiadana et lui donne le nom de Andafiavaratra.
En 1872, le Premier Ministre Rainilaiarivony, souhaitant asseoir son pouvoir, demande à un missionnaire architecte, William Pool, de lui bâtir, à la place du palais en bois, une imposante bâtisse en pierres et en briques au dôme vitré. Le Palais va alors abriter les bureaux des Premiers Ministres de la royauté malgache.
Durant la colonisation française
Le bâtiment est conjointement occupé par l’École Militaire Préparatoire d’Enfants de Troupes et l’état-major du Général commandant des Troupes de Madagascar.
A l'indépendance
En 1960, le premier Président de Madagascar, Philibert Tsiranana en fait le Palais présidentiel. Ce sera le cas jusqu'en 1972.
En janvier 1976, les services du Premier Ministre s'y installent à nouveau. Mais quelques mois plus tard, un incendie détruit une partie du Palais.
De Palais à Musée
Après la reconstruction du Palais, il est transformé en musée d’histoire et de culture en 1996, avec plus de 1450 objets, la plupart sauvés de l'incendie du Palais de Manjakamiadana en novembre 1995.
En décembre 2011, il est fermé au public à cause d'un vol, il ouvrira ses portes plus de deux ans plus tard, en 2014.
L'année suivante, en avril 2015, il est à nouveau interdit au public en vue des travaux de réhabilitation. Les autorités ont annoncé sa réouverture en juillet 2017. Mais à l'heure où nous écrivons ses lignes, les visites n'avaient toujours pas repris.
La façade de ce Palais est plutôt originale mêlant différents styles.
Aujourd'hui, ce musée fait l'objet d'importants travaux de rénovation, qui permet notamment de restaurer les clôtures traditionnelles autour du palais en utilisant les méthodes de construction de l'époque et d'installer un système d'éclairage fonctionnant à l'énergie renouvelable.
De 1960 à 1972 le palais devint la résidence du Président de la République malgache. Depuis janvier 1976 il abrite les services du Premier Ministre. Et depuis la deuxième République, le palais est transformé en musée. Il est aujourd’hui ouvert au public pour faire apprécier son musée historique et culturel, dont des objets sauvés lors de l’incendie du Palais de la Reine.